Las alianzas público-privadas son un mecanismo de promoción de la investigación y el desarrollo en enfermedades olvidadas. La mayoría de estos organismos reciben ayudas tanto del sector público (gobiernos o agencias de las Naciones Unidas), como de organizaciones de la sociedad civil, pero sobre todo de fundaciones privadas, como Gates Foundation.

Un ejemplo es el Global Alliance for Vaccines and Immunisation (GAVI). El GAVI actualmente está considerando la utilización de un mecanismo innovador de financiamiento, los Advanced Market Commitment (AMC). La idea es que se garantice un volumen de compra a precios preacordados durante un periodo de tiempo y que así se estimule la creación de un mercado que incentive a las empresas privadas a innovar en tratamientos para los cuales no existiría inicialmente interés.

Los AMC y las alianzas público-privadas son mecanismos que actualmente se encuentran en periodo de evaluación. Algunos expertos plantean dudas sobre el interés de los promotores de estas iniciativas en la promoción de competencia genérica y transferencia de tecnología en países en vías de desarrollo.